Thinstall Virtualization Suite - один из самых мощных в мире пакетов для виртуализации приложений. С помощью этого средства Вы сможете из обычного приложения легко и просто сделать portable-версию, которая запускается допустим с флешки, не требует никаких прав в системе и не изменяет ни единого файла/ключа реестра. В принципе большая часть portable-софта и создано с помощью него.
Результат достигается путем заключения приложения в виртуальный контейнер, внутри которого создается виртуальное представление реестра и системных файлов.